MP導入前のPaypalで入金された分については、これまで通りPaypalで部分返金可能だと思います。
MP導入後の売上については、Seller Hubで可能なはずです。山下先生が投稿された画像がわかりやすいと思います。￬
ebayの記事によると、90日以内であればSeller Hubから一部または全部を返金可能なようです。￬
https://www.ebay.com/help/selling/managing-returns-refunds/refunding-buyers-managed-payments-seller?id=5269